Badan Pelayanan Jemaat (BPJ) melayani jemaat secara kategorial berdasarkan usia dan kebutuhan. GKI Coyudan saat ini memiliki 6 Komisi dan beberapa tim pembinaan, diantaranya:

• Komisi Anak
• Komisi Remaja
• Komisi Pemuda
• Komisi Dewasa
• Komisi Warga Senior
• Komisi Musik
• Tim Kambium
• KTB
• Perwilayahan